http://www.genecool.com/?fromuser=%E6%9D%A8%E5%BB%BA%E8%BE%89
圖解blast驗證引物教程
——以文獻(xiàn)報道的人類的ABCG2的引物為例
2、 點(diǎn)擊Basic BLAST中的nucleotide blast選項
3、 完成2操作后就進(jìn)入了Basic Local Alignment Search Tool界面
（1）在Enter Query Sequence欄中輸入引物序列：
注：文獻(xiàn)報道ABCG2的引物為5’-CTGAGATCCTGAGCCTTTGG-3’;
簡便的做法是同時輸入上下游引物。輸入上下游引物系列都從5’— 3’。 輸入上游引物后，加上≥20個字母n，再輸入下游引物，如下圖：
（2）在Choose Search Set欄中：
Database根據(jù)預(yù)操作基因的種屬定了，本引物可選Human genomic + transcript或Others （nr etc.）。本人傾向于選后者，覺得此庫信息更多。如下圖：
（3）在Program Selection中：選擇Somewhat similar sequences （blastn）項，如下圖：
（4）在此界面zui下面：如下圖
Show results in a new window項是顯示界面的形式，可選可不選，在此我們選上了。關(guān)鍵要點(diǎn)擊Algorithm parameters參數(shù)設(shè)置，進(jìn)入?yún)?shù)設(shè)置界面。
4. 參數(shù)設(shè)置：
（1）在General Parameters中：Expect thresshold期望閾值須改為1000，大于1000也可以；在Word size的下拉框?qū)?shù)字改為7。如下圖：
（2）Scoring Parameters無須修改
（3）Filters and Masking中，一般來說也沒有必要改
5．點(diǎn)擊zui下面一欄的BLAST按鈕，如圖：
6.點(diǎn)擊BLAST按鈕后，跳轉(zhuǎn)出現(xiàn)如下界面：
7. 等待若干秒之后，自動跳轉(zhuǎn)出現(xiàn)顯示BLAST結(jié)果的網(wǎng)頁。該網(wǎng)頁用三種形式來顯示blast的結(jié)果。
（1）圖形格式：
地址：上海浦東川沙鎮(zhèn)川沙路6619號上海起發(fā)實(shí)驗試劑有限公司
郵箱：xs1@78bio.com
傳真：021-50724961
當(dāng)前位置：